O Secretariado-Geral é a dupla de alunos responsáveis pelo planejamento e gestão de toda uma edição do evento, composta por um Secretário e um Vice-Secretário. Eles são escolhidos pelo grupo de professores responsáveis logo no início do ano letivo e, com ajuda deles, preparam o cronograma de atividades, orientam as demais lideranças e suas equipes, acompanham o desenvolvimento dos comitês e suas sessões, fazem a ponte entre o Colégio Embraer e as escolas convidadas, compõem a cerimônia de abertura e de encerramento, entre outras funções essenciais para a existência do projeto.